O que acontece com o WhatsApp no meu celular

Depende de como você conectou.

Conectado por QR Code

Nada muda. O WhatsApp continua igual no seu celular: você vê e responde as conversas normalmente, e o auxiliar atende junto. Quando você responde uma conversa, ele para de responder aquela conversa e devolve o controle para você.

Conectado pela Meta

Nesse caminho o número passa a ser atendido pela Meta, e não mais pelo aplicativo no aparelho. Na prática:

• As conversas do atendimento passam a viver no painel do Meu Auxiliar.
• O aplicativo daquele número no celular deixa de receber essas conversas.
• Você continua respondendo tudo, mas pelo painel, no computador ou no celular.
• Seu WhatsApp pessoal, se for outro número, não é afetado em nada.

Se manter o aplicativo no celular funcionando é importante para você, prefira conectar por QR Code ou use um número separado para o atendimento. Comparação completa: a diferença entre as duas formas.